イルーゴガスは風に乗って飛散して、周囲の住民の体に悪影響を及ぼすという状態が1週間続いていた。防衛隊はイルーゴに攻撃を試みるも効果はなく、それどころか攻撃を受けたイルーゴがより一層イルーゴガスを吐いたため、攻撃は中止されることになる。一方、SKaRDはイルーゴが地球由来ではない、宇宙怪獣であることを突き止める。
しかしある日、SKaRDは突然調査の中止を命令されてしまう。理由を聞いても話してくれない、防衛軍のハルノ レツ参謀長。バザンガの出現したファースト・ウェイブと、ゲバルガの出現したセカンド・ウェイブ。これらは「V99案件」と分類され、防衛隊の司令部は厳重に情報を管理していた。イルーゴをサード・ウェイブとして、司令部が囲い込もうとしているのではないかと察するエミ。ゲントは、レツの指示を無視して調査の続行を指示する。
その後、防衛隊は自走レーザー砲による攻撃でイルーゴを根本から切断する作戦を実行する。イルーゴの口をワイヤーで塞ぎ、レーザーの照射を行うが、イルーゴはワイヤーを引きちぎると自走レーザー砲をくわえ、空高く放り投げる。近くで中継していたテレビクルーは、落ちてきた自走レーザー砲による破壊に巻き込まれてしまった。
さらに、自走レーザー砲の車内に取り残されてしまう防衛隊の隊員たち。そんな混乱のなか、イルーゴはイルーゴガスを吐きはじめる。全員に命の危機が迫る!