
バルタン星人との激闘!
ある日の夜、東京の上空に強烈な怪電波を発する物体が現れるも、すぐに反応が消えるという奇妙な事態が発生。アラシは怪電波の消滅した科学センターに向かった。すると、そこでアラシは謎の宇宙人に遭遇。宇宙人の放った赤い光線により、体が動かなくなってしまう。
その後、科学センターにハヤタが到着。科学センターを占拠した宇宙人・バルタン星人と戦闘になるが、バルタン星人は姿を消してしまった。
防衛会議の結果、敵の戦力が未知数ということもあり、バルタン星人と話し合いを行うというムラマツキャップの提案が採用された。イデはバルタン星人との交渉に向かい、一方で話し合いが決裂した際に備えて防衛軍は最新鋭の核ミサイル「はげたか」の発射準備を進める。
科学センターに突入したイデの前に、バルタン星人に操られたアラシが現れる。アラシを通して、バルタン星人は自分たちの目的を話しはじめた。バルタン星人の故郷は、ある科学者の実験により失われており、たまたま宇宙旅行中だったことから生き延びた彼らは、新たな母星を探して旅をしていたという。
地球の近くで宇宙船が故障し、修理のために地球に立ち寄ったバルタン星人だったが、地球が自分たちにとって住みやすい惑星であることを知り、地球への移住を勝手に決めてしまう。さらに、バルタン星人は宇宙船のなかに20億3000万人もいるという。

しかし、ウルトラマンから攻撃を受けて分身は消滅。再び空中戦がはじまった。ウルトラマンは地上に降りて飛行するバルタン星人に狙いを定めるとスペシウム光線を発射、ついにバルタン星人を撃破したのだった。