あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「3月13日」(1999年)。
ガイアと対立してきたアグル=藤宮博也。その行動原理は藤宮自身が開発した光量子コンピューター「クリシス」が、「地球に人類は不要」という答えを導き出したからだった。しかし、クリシスは根源的破滅招来体に侵されていることが判明。人類を敵視するように誘導されていたことに気づいた藤宮は、我夢にアグルの光を託し姿を消した。
我夢は、アグルの光でウルトラマンガイア V2にヴァージョンアップ。さらにウルトラマンガイア スプリーム・ヴァージョンへの強化変身能力を手にして強敵に立ちむかっていく。
エリアル・ベースがハッキングで墜落の危機
そんななか、根源的破滅招来体に汚染されていた光量子コンピューター「クリシス」が、凍結させられる直前に発信したプログラム「クリシスゴースト」が、対根源的破滅地球防衛連合G.U.A.R.D.ヨーロッパやエリアル・ベースのコンピューターに侵入をはじめる。システムが完全に乗っ取られた場合、リパルサーリフトによって空中に浮遊しているエリアル・ベースは墜落してしまう。
しかし、オペレーターのジョジー・リーランドが遊びで作っていたジョイスティック型のコントローラーを使った駆除システムで、佐々木敦子オペレーターがクリシスゴーストを消去。最後のひとつを取り逃がしてしまうが、エリアル・ベースのシステムは回復する。
しかし、最後のプログラムはジオ・ベースのF4ラボに侵入。そこでは、ガイアやアグルが倒した金属生命体 アパテーとアルギュロスの破片サンプルが分析されていた。クリシスゴーストは金属生命体の破片サンプルと、ジオ・ベースに蓄積されたウルトラマンガイアのデータを使い、なんとガイアの姿になって出現する!