
そんななか、数千年に一度という7分を超える長い皆既日食を観測する準備をしていたSRC宇宙開発センターは、宇宙で謎の波動を感知。それは、カオスヘッダー反応だった。ムサシとドイガキ隊員は宇宙開発センターに向かいデータを調査する。そして、宇宙座標P87ポイントに、カオスヘッダーが何処からかやってくるための「通り道」があることが発覚する。
すると、怪獣出現の連絡がチームEYESに入る。出現した怪獣とは、エリガルがカオスヘッダーに侵食された姿である、カオスエリガルだった。街に向かって進むカオスエリガル。今度こそエリガルを救おうとするシノブ副隊長だったが、フブキ隊員は、コスモスでさえ救えなかったエリガルを保護することは不可能だと訴える。ヒウラキャップは、やむを得ず隊員たちにカオスエリガルへの攻撃を命じるのだった。