
その後、南極の水温が異常に上昇しているのが確認された。このままでは、世界が海に沈んでしまう。移動要塞クラーコフNF‐3000で宇宙に出ていたコウダたちは、そのまま南極に向かった。スーパーGUTS基地・グランドームにいたアスカたちも、海洋開発局主任のエジリ博士とともにクラーコフと合流する。
南極の海上を調査するリョウとカリヤ隊員。すると、マイがアイスキャッスルのある場所で、衝撃波の発生を確認した。何かが、爆発したのだ。クラーコフは、アイスキャッスルと通信。状況を確認するが、相手は何も異常はないと返答する。しかし、マイはアイスキャッスルに何かが起きたことを確信していた。
だが、グランドームに残ったヒビキ隊長に代わって指揮をとるエジリ博士は、マイの話を信じない。必死に訴えるマイを見たカリヤは、エジリ博士に進言。1時間だけ猶予が与えられ、マイとリョウはガッツマリンでアイスキャッスルの様子を見にいくことを許された。