
ウルトラ警備隊によって日本に運ばれたオーパーツは、地球防衛軍によってシェルターの地下奥深くに保管されることになる。任務を終えたカザモリたちは、オーパーツが何だったのかと話をしていると、会話の内容は「オメガファイル」の話に移っていった。オメガファイルは、地球防衛軍に存在するという噂の部署で、「一般人にとって知らないほうがいい情報」を封印する部門らしい。
そしてその夜、カザモリの前に、中国でテレパシーを送ってきた女性が現れる。女性はカザモリがセブンであることを知っており、「真実を見ろ」と言う。その言葉が気になったカザモリは、独断で地球防衛軍のシェルターに忍び込み、オーパーツを確認しようとする。
シェルターの周囲では、兵士たちが倒れていた。そして、シェルターに侵入したカザモリは地球防衛軍の参謀や兵士に見つかり、捕らえられてしまう。拘束されたカザモリの前に、カジ参謀が現れるが、カジ参謀は何かを隠しているようだった。その後、カザモリは長期休暇を言い渡される。ダンの姿になり、以前の戦いで命を落としてしまったフルハシ参謀の墓参りをしていると、そこに再び女性が現れる。
その女性は、かつて地球に住んでいた先住民の生き残りで、今地球人と呼ばれている種族に侵略されたという。ダンがその証拠を求めると、女性は「証拠は地球防衛軍が隠している」と告げるのだった。すると、カザモリが異星人である可能性を知って、ウルトラ警備隊がやってくる。カザモリの姿になったダンは拘束されるも、カジ参謀にオメガファイルの情報を、全宇宙の文明に公開するよう要求した。