目覚めた少女が思わぬ行動を!
すると、その場に防衛軍がやってきて少女を引き渡すよう要求する。防衛軍が無理やり少女を覚醒させ、情報を聞き出そうとしていることを察したカワヤは拒否するが、防衛軍は後日正式な令状を持ってくると言って、いったん引きさがったのだった。
その後、少女は突然目を覚まし、赤と黒の装置を持ってSRC特殊医療基地から姿を消した。防衛軍の戦闘機や戦車を観察する少女・ラミアは「我を起動せよ」という、頭に響く声に従い装置を操作しようとする。しかしそこに現れた3人組の若者がラミアをからかい、装置を取り上げてしまう。そこにカワヤがやってきてラミアを連れて帰ろうとするが、怒った若者たちから暴力を振るわれることに。
ムサシとドイガキがやってきたことで逃げた若者たちが、少女の装置をパズルのように組み替えていると、ビルに張り付いていた物体が起動する。それこそ、これまで姿を消していた飛行物体であり、巨大なロボット怪獣・グインジェへと姿を変えた。防衛軍はグインジェに攻撃を開始し、EYESも敵が生命体ではないことから攻撃を始める。
地球が脅威になる惑星となるかどうかを調べにきていたラミア。結果的に若者がグインジェを起動させてしまったものの、防衛軍の活動を見て、すでにラミアは地球を消滅させることを決めていた。ムサシはグインジェを止めるため、ウルトラマンコスモスに変身し戦闘を開始する。
一方、グインジェ出現により足を挫いてしまった若者に応急処置をしたカワヤは、グインジェのコントロール装置を手に、若者たちが謝っていたことを告げてそれをラミアに返す。
しかし、そこに現れた防衛軍がラミアに向けて発砲するが、カワヤはその身を犠牲にしてラミアを守る。カワヤの行動に心を動かされたラミアはグインジェを宇宙船の姿に戻し、不思議な力でカワヤから弾丸を摘出すると地球を去っていったのだった。