カプセルは同時に発見された古文書から、3億5000年前の物だと思われ、なかには液体状の生命体がいる。バリガイラーの攻撃を受けた研究センターが復帰するまで、カプセルはナースデッセイ号で保管することが決まり、ケンゴとヒジリ アキト隊員は研究センターのカプセルを受け取りに向かうことになる。
研究センターに到着したケンゴたちだったが、何やら施設内が騒がしい。青いカプセルが熱を発し、活性化をはじめたというのだ。すると、カプセルから吹き出した青い煙が怪獣・アボラスに姿を変えた。
ケンゴは、口から吐く泡でビルを溶かしはじめるアボラスに攻撃するアキトの、すぐ近くに泡が迫っていることに気づき、身を挺してアキトを守る。しかしそれにより、ケンゴは泡の中に閉じ込められてしまった。さらに、怪獣出現の騒動により放置されていた赤いカプセルも反応を示し、赤い煙を噴出、怪獣・バニラが現れる。
さらに、互いを認識したバニラとアボラスは戦いはじめ、周囲の建物が破壊されていく。アキトはいったんナースデッセイ号に帰還し、タツミ セイヤ隊長にケンゴ救出を願い出るが、タツミ隊長は「今は怪獣に対処をするべきだ」と、本当はケンゴを助けたい自分の気持ちを押し殺してアキトを諭す。