あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「12月29日」(2001年)。
怪獣を凶暴化させる光のウィルス・カオスヘッダー。それまで、怪獣を凶暴化させたりコピー体を作り出したりしてコスモスと戦っていたが、ついに実体化し、カオスヘッダー自らコスモスに襲いかかる。
謎の失踪事件が発生
同じころ、群馬に住む狩野家の父親の良一は、東京へ出張しようとしていた。良一のことが大好きな息子の正太は、父親に「東京で悪いやつにいじめられたら僕が絶対に助けにいく」と約束するのだった。しかし、良一は東京でカオスヘッダーに連れ去られてしまう。
その瞬間をちょうどムサシ隊員たちが通りかかり、ムサシたちは調査のため狩野家に向かい、正太と知り合う。
後日、ムサシは正太が行方不明になったという連絡を受ける。正太は、良一を探すため、歩いて群馬から東京にいこうとしていたのだ。東京へ向かうトラックを見つけた正太は、荷台に潜り込んで東京にやってきた。ムサシは、カオスヘッダー反応を検知して移動した先で正太と出会う。ムサシは正太から「父からメールが届いた」という話を聞き、そのメールで示されている倉庫に向かった。