
その後、これまで出現してきた怪獣や宇宙人たちを呼び寄せていた時空波の発信源が、日本最南端の沖ノ島近海にあることが判明。GUYSジャパンの基地・フェニックスネスト(フライトモード)の大型砲・フェニックスキャノンでのみ発射可能なメテオール弾「フェニックス・フェノメノン」で、発信源を撃破する作戦が決定した。
すると、発信源がまるで逃げるかのように移動しはじめる。GUYSは作戦をすぐに決行するため、ミライを呼び戻そうとするが、なぜか連絡が取れない。このタイミングでミライと連絡が取れないことに、時空波の発信源が敵の罠である可能性も考えられたが、怪獣や悪の宇宙人の出現を断つために作戦の開始が決定。フェニックスネストは飛び立った。