世界各国の防衛隊は、宇宙船団への攻撃準備を開始。しかし、エミとハルノが指揮所にやってくると、エミはこれまで得た情報と父の残した日記により知った、V99の真実を語りはじめる。
1999年に防衛隊が撃墜した「隕石」は、隕石ではなく地球外生命体の宇宙船だった。この地球外生命体は「V99」と呼称されるが、現在接近している宇宙船は、そのときに撃墜された宇宙船の同胞であり、これまでバザンガ、ゲバルガといった宇宙怪獣を地球に送り込んできていたのも彼らだった。そしてV99の宇宙船撃墜の指揮をしていたのは、当時の司令官であるドバシだったのだ。
さらに、エミの父が残した日記に記されていたV99撃墜後の調査報告によると、V99の宇宙船は武器を搭載していなかった。ドバシが指揮していた第一宇宙高射群は、ワームホールを通じてたまたま地球付近に現れた非武装の宇宙船を撃墜し、そのうえドバシはそのことを隠していたのだ。
はたしてV99の目的は仲間を殺されたことに対する報復なのか、それとも地球を侵略することなのか。そのとき、V99の残骸を分析して開発されたという出自を持つアースガロンに搭載されたAI対話システムが、V99との交信を試みる。すると、それに対して宇宙船団からの返信が確認された。その内容は断片的だったが、どうやら彼らは地球を恐怖に感じているようだった。