あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「9月5日」(1998年)。
1980年代に、全世界で誕生した天才児たち。彼らは、アルケミー・スターズという科学者ネットワークを構築し、宇宙からの脅威に対抗するための準備をしていた。大学生で、アルケミー・スターズの一員でもある我夢は、実験中に光の巨人と遭遇。そして、破滅をもたらすものがついに地球に現れる。
我夢がガイアと出会う
その後、昼食を済ませ、研究室の仲間たちと話をしていると、上空に巨大な結晶体が出現。我夢は、自分たちが予測していた破滅をもたらすものがついに地球に現れたと考え、アルケミー・スターズの仲間たちと連絡を取る。そして、結晶体の中から怪獣・コッヴが出現した。
アルケミー・スターズと国連が組織した、対根源的破滅地球防衛機構G.U.A.R.D.(ガード)。そのエキスパートチームであるXIG(シグ)は、拠点となっている空中母艦基地 エリアル・ベースから、戦闘機部隊のチーム・ライトニングに出撃命令を出す。チーム・ライトニングの梶尾リーダーはXIGファイターSSで、北田隊員と大河原隊員はXIGファイターSGで発進。さらに、司令塔の役割を担う大型ジェット機・ピースキャリーも発艦する。人類と地球外生命体の戦いがはじまった。