ひとまず体調を安定させたムサシに、SRC宇宙開発センターへの異動命令が下る。現在、宇宙開発センターでは宇宙用マシンのテックブースターを開発しており、そのテストパイロットにムサシが選ばれたのだ。
「ずっとEYESで怪獣保護の仕事をしていたい」と訴えるムサシ。そこに、警報が響く。怪獣・ボルギルスが出現したのだ。ボルギルスは2ヵ月前にパリに、1ヵ月前に上海に出現している怪獣だった。EYESは出動し、ムサシは自分がボルギルスを捕獲すると張り切るが、疲労から完全に回復していなかったため、伸びてくるボルギルスの尻尾に反応できず、攻撃を受け機体を不時着させてしまう。
ボルギルスは地中に逃走し、フブキ ケイスケ隊員は体調管理ができていないムサシを責めるが、それはムサシがEYESを去ってしまうことへの悲しみからの苛立ちもあってのようだった。
ムサシを宇宙開発センターに指名したのは、ムサシがはじめてウルトラマンコスモスと出会ったバルタン星人の一件で知り合った、木本博士だった。ムサシは子どものころから「宇宙を愛している」という気持ちが全身から溢れていた。宇宙開発センターはムサシを必要としていると、木本はムサシを呼んだ理由を話す。