あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「3月25日」(2001年)。
地球の怪獣たちと協力し、根源破滅天使 ゾグを撃破した高山我夢=ウルトラマンガイアと藤宮博也=ウルトラマンアグル。我夢が特捜チームXIG(シグ)を離れ大学に復学した一方で、最近再び怪獣が現れ対根源的破滅地球防衛連合G.U.A.R.D.(ガード)と交戦する事態が発生していた。そんななか、我夢はXIGから招集を受け、チーム・マーリンとともにセレファス海溝に向かう。
我夢が海底に潜る
そんなある日、授業中の我夢のもとに、XIGファイターSSでチーム・ファルコンの米田達彦リーダーが現れる。小笠原の深海から、未知の言語による通信が発せられているらしい。我夢は小笠原で待機していたチーム・マーリンのセイレーン7500に搭乗。チーム・マーリンとともに、発信源に向かう。
一方、G.U.A.R.D.から逃避行を行っていた藤宮は謎の少女と出会う。少女は不思議な力で藤宮が負っていた傷を治療。藤宮は、少女が人間ではないことを悟る。すると、少女は「リナールの力をアレが奪っていく」と言い、急に怯えはじめた。藤宮は少女を落ち着かせるが、そこに藤宮を探していたG.U.A.R.D.アメリカのスピノザ隊員が到着。藤宮に投降するよう求める。すると、突如海の中から、無数の根源破滅飛行魚 バイアクヘーが出現。少女はスピノザが回収していた、ウルトラマンアグルへの変身アイテムであるアグレイターに光を宿すと、人間たちに自分たちがなすべきことをなすよう願い、光となって姿を消したのだった。