あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「11月6日」(2004年)。
地球解放機構・TLTの作戦参謀・吉良沢 優の命令で、ナイトレイダーはインセクトタイプビースト バグバズンと交戦するネクサスを攻撃した。その後、ネクサスの攻撃を受けたバグバズンは地中に逃走。姫矢 准は変身を解除する。しかし、そこに孤門と西条 凪副隊長が現れた。凪は姫矢に発砲してしまう。
姫矢の正体を探る孤門
孤門はその石柩・ストーンフリューゲルに触れると、どこかの国で起きた戦争と、それに巻き込まれる人々、そしてひとりの少女の映像を観る。その後、ストーンフリューゲルは振動波を発し、飛び去っていった。ナイトレイダーの基地であるフォートレスフリーダムに帰還した孤門たち。孤門は振動波の影響で気を失っており、凪が和倉隊長に状況を報告する。しかし、「ウルトラマンと思われる生命体の痕跡はあったか?」という和倉隊長の問いに、ネクサスがスペースビーストであると考え、自らの手で倒すことを望む凪は「何も無かった」と嘘の報告をしたのだった。
一方、孤門はストーンフリューゲルに触れたときに観た映像が、姫矢の記憶だと直感的に感じ、それを元に姫矢の素性を探りはじめる。調査の結果、孤門は、姫矢の記憶で観た戦争の写真が、過去の新聞に掲載されているのを発見。そして、自分が探していた男性の名前が姫矢 准だということを知ると、発行元の新聞社を訪れたのだった。姫矢はすでに新聞社を退職していたものの、彼のことを気にかけていた先輩の佐久田 恵と出会う。
一方、姫矢のジャーナリスト仲間である根来甚蔵は、社会に何か大きな存在と、それを隠蔽する動きが起こっていることを感じ、独自に調査を行っていた。そして、その現場に姫矢がいることに気づき姫矢を問い詰める。