
その後、以前地球に出現し、メビウスを圧倒した怪ロボット・インペライザーが13体も襲来、世界各国の主要都市に降り立った。そして、世界中に「皇帝」を名乗る謎の声が響く。
声の主は、メビウスが人間に化けて地球に潜伏していると話し、メビウスを差し出すよう語ると、東京のインペライザーに破壊活動を開始させた。GUYSは出撃、ミライもメビウスに変身して戦いを開始する。
以前はインペライザーに歯が立たなかったメビウスだが、仲間たちとの友情の力で変身能力を獲得したウルトラマンメビウス メビウスバーニングブレイブに強化変身。みごとにインペライザーを撃破する。
しかしその直後、新たに2体のインペライザーが出現する。GUYSのGUYSガンフェニックストライカーの援護を受けなんとか撃退するも、さらにもう1体のインペライザーが現れる。皇帝はメビウスがエネルギーを使い果たしてしまって戦闘不能になったのを見ると、あえてインペライザーを制止させ、自分の力を誇示したのだった。