あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「5月28日」(2005年)。
映画『ULTRAMAN』でウルトラマン・ザ・ネクストに変身した真木舜一。彼とともに行動していた水原沙羅が、TLT北米本部から査察官として日本支部の第3基地であるフォートレスフリーダムにやってくる。一方、孤門たちは5年前に起きた新宿大災害がザ・ネクストとビースト・ザ・ワンの戦いによるものだということを知るのだった。
孤門たちが5年前の真実を知る
アンノウンハンドは防衛システムにより迎撃され事なきを得たが、今回の事件を受け、TLT北米本部から査察官の水原沙羅の来日が決定する。一方そのころ、遊園地でアルバイトをする千樹 憐のもとに見知らぬ少女が現れ、いきなりデートの申し込みをして去っていく。憐を監視する任務に就いていた野々宮瑞生は、その様子を複雑な心境で見ていたのだった。その少女・葉月は、TLTの管理官である松永要一郎の娘だった。仕事が多忙な松永はあまり自宅に帰っていないらしく、親子関係はギクシャクしている。そして、松永の妻は5年前に巨大隕石の落下により新宿に多大な被害が起きた「新宿大災害」で亡くなっていた。
一方、TLTにスパイが紛れ込んでいる可能性があることやTLTそのものに疑問を持ち始めていた石堀光彦隊員、平木詩織隊員は水原について独自に調べていると、彼女が憐やTLTの作戦参謀・吉良沢 優たち遺伝子操作をされて生まれた「プロメテの子」とつながりがあることを知る。そして、それを調べるなかで、ある人物が遺伝子に致命的なディフェクト(欠陥)があり、17〜18歳になると命を落としてしまうことを知る。
その後、ディフェクトを持つプロメテの子の存在と、なぜか水原によって開発が中止された特効薬の名前が「ラファエル」であることを石堀たちから聞いた孤門。孤門はすぐに、そのプロメテの子が憐であることに気づく。憐の命は、残り少ないのだ。