飛行物体はレーダーから消えてしまうものの、落ちた何かによって地面がえぐられているのが発見される。ジン、ケイ、エスの3人は手分けをして周囲の捜査をすることになった。
すると、ジンは自分にウルトラアイを託した謎の女性・エレアがいるのに気づく。さらに、突如発光する光の玉が出現、高速でふたりの横を通り過ぎて行き、バランスを崩して倒れたエレアは気を失ってしまう。「AQUA PROJECT」と書かれた謎のプレートを持っていたエレアをジンは自室で介抱して、記憶喪失の自分についての情報を話してくれるよう頼む。しかし、エレアは「今は戦い続ければいい」とだけ言って、去ってしまうのだった。
ジンたちが遭遇した発光体は、未確認飛行物体が飛来したβエリアに出没していた。「光の魂」と呼ばれるその物体については相次いで目撃情報が寄せられたが、襲われた人にけがや体の異状は発生していない。調査を続けるジンは、その途中でタカオに話しかけられた。どうやら、記憶喪失前のジンはタカオと知り合いだったらしいのだ。