あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「7月31日」(1966年)。
伊豆にある古井戸から聞こえる不気味な音を調べにやってきたフジ隊員とホシノ少年。井戸の中からは海へ向かう抜け穴があるらしい。ホシノは井戸の中を進むと巨大な目玉に遭遇。それは、怪獣・ネロンガのものだった。
井戸の中には巨大な目玉があった!
ホシノ少年が井戸の中に入ると、わずかに風が吹いているのを感じる。恐ろしい音とは、この風が吹き抜ける音だと考えたホシノ少年が抜け穴の奥に歩みを進めると、巨大な目玉と遭遇。同時に地震が発生し、天井が崩れてしまう。ホシノ少年と、彼を心配して追いかけてきたフジは、水路が海につながっているのに気づき、泳いで井戸から脱出したのだった。そのころ、地上では山が隆起し、何かが出現。水力発電所が破壊される。しかし、その犯人は透明で、姿を見せなかった。
謎の山崩れの情報をキャッチした科学特捜隊。イデ隊員は現場近くにいるはずのフジに連絡を取ろうとするが、応答はない。事件の可能性もあると考えたムラマツキャップは、科学特捜隊全員に出動を命じたのだった。