あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「6月11日」(2005年)。
メガフラシとの戦いは引き分けに終わったが、体力が限界に近づいていたウルトラマンネクサス=千樹 憐は気を失ってしまう。そんな憐を、ウルトラマンの光の秘密を解明し戦力にしたいと考えるTLTの管理官・松永要一郎は拉致。先代のデュナミストである姫矢 准と同様に、その体を解析しようとする。孤門たちは憐を助けるため、TLTに反乱を起こすのだった。
メガフラシが逃走
憐がもつ遺伝子の致命的なディフェクト(欠陥)に対する特効薬である「ラファエル」の研究は、スペースビーストの研究に注力しなければならないと考えた水原沙羅によって中止されていた。しかし、憐と同じ「プロメテの子」たちは水原に秘密で研究を続けており、水原もそれに気づきつつ放任していた。そのラファエルが完成したという連絡が、憐の遺伝子のもとになった人物である海本隼人に届く。しかしその直後、海本は何者かに襲われてしまった。
一方、メガフラシとの戦いを終えた憐は気を失っていたが、そこに防護服を着た複数の人間が現れ、憐を拉致してしまう。TLTの松永は以前、姫矢 准に対してデュナミスト(適能者)のもつ光の秘密の解明を行おうとするも失敗していた。憐の命が残り少ないことを知った松永は、彼が死ぬ前に今度こそ光の秘密を解き明かそうとしていたのだ。憐が松永に拉致されたことを知ったMP(メモリーポリス)の野々宮瑞生は孤門に連絡。孤門はすぐに松永の目的を悟ると、ナイトレイダー基地・フォートレスフリーダムに実験室があると考え、基地の中を調べはじめる。