【これまでのあらすじ】
地球から遠く離れた銀河、高度な文明をもつ星々がひしめきあう、そんな銀河の星のひとつが、ルティオン(アーク)の故郷だった。
ところが、その星の太陽が突如膨張をはじめてしまったのだ。
このままでは、星が焼き尽くされてしまう!
そこで、太陽の過剰なエネルギーを吸収して、別の銀河へ送る計画が持ち上がる。
これを発案したのは、ゼ・ズーという指導者のひとりだった。
ゼ・ズーは、ゼ・ズーゲートと呼ばれる人工的なワームホール(※)を通じて別の銀河にエネルギーを放出しようとする。
※時空を歪めて、ある地点から別の地点まで直接結ぶトンネルのこと
だが、その放出先は地球のそばだった。
過剰なエネルギーを放出すれば、今度は地球が滅亡してしまう。
そこで、ルティオンの星の他の指導者たちは、ルティオンを派遣して、なんとかこの計画をくい止めようとする。
それを知ったゼ・ズーは、阻止されまいと、宇宙獣モノゲロスを追っ手として放ったのだった。
こうして16年前、地球ではオニキスの影響で「K‐DAY」が発生したのだ。
ルティオンはモノゲロスの激闘の末、オニキスは何とか封印された。
そしてその戦いに巻き込まれたユウマはルティオンと一体化し、一命をとりとめたのだった。
ゼ・ズーはオニキスの封印を解くべく、腹心であるスイードを送り込み、ルティオンとユウマを引き裂こうとする。
オニキスの封印が解かれそうになったそのとき、ユウマとルティオン=ウルトラマンアークはオニキスに飛び込む。
オニキスの爆発の中から、ウルトラマンアークは新たな鎧であるギャラクシーアーマーをまとって現れ、スイードの企みを阻止したのだった。
こうして、地球は平穏を取り戻したかのように見えた。
だが、夢をあやつるギルバグを引き連れ、ふたたびスイードが現れる。
今度こそ、ゼ・ズーゲートを開くために……。
地球の運命は?
そして、満身創痍のユウマとアークはどうなってしまうのか?