あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「11月20日」(1966年)。
工事現場で発見された謎のカプセルには、怪獣・アボラスが封印されていた。さらに、カプセルはもうひとつ存在しており、そこから怪獣・バニラも現れる。科学特捜隊は2体の怪獣を互いに引き寄せ戦わせようと考える。果たして勝つのは、バニラかアボラスか!?
謎のカプセルが出土
回収を終えその場をあとにした科学特捜隊。しかし、その現場には赤い液体が入ったもうひとつのカプセルがあった。そのカプセルは、工事現場の作業員にも気づかれずダンプカーで土砂とともに運び去られてしまう。その後、ハヤタとイデ隊員は福山博士の研究所を訪れる。金属板は何か文字が描かれた「書類」であると思われたが、どうやっても肝心の文字を見つけることができない。
すると、イデが金属板で光を反射させることで、文字が見える仕掛けになっていることを偶然発見。その文字は太古に沈んだといわれている「ミュー帝国」のもので、すぐに解析が行われることになる。一方、東京の北部で落雷が発生。それは赤い液体の入ったカプセルに落ち、液体は怪獣・バニラに変貌してしまう。