ガルト星人が出現
一方、地球防衛軍本部が機能を停止したことで、宇宙人たちは密かに人々の支配をはじめていた。宇宙人のコントロールによりその存在が人々に認識されなくなり、孤立したウルトラ警備隊。密かに活動を行っていたある日、ハヤカワ・サトミ隊員とともに食料調達に出かけていたキサラギ・ユキ隊員が泣いている女の子を発見。その女の子はユキたちを認識することができ、両親が自分のことをわからないと助けを求めてきた。さらに、シマ・ケイスケ隊員とミズノ・タクマ隊員の調査により、街中の携帯電話に人間の脳をコントロールする「ゼルダチップ」が埋め込まれ、人々がマインドコントロールされていることがわかる。
ウルトラ警備隊は、ゼルダチップに電波を送っている電波塔の破壊を計画。その後、カザモリはサトミ隊員と面会し、「今度の戦いは、今までで一番つらい戦いになるかもしれない」と語るのだった。そして、電波塔の攻撃が始まる。ユキがつれてきたマユコという少女はユキに懐いており、ユキが戦いに向かうことを悲しむ。一方、サイジョウ参謀率いる生き残りの地球防衛軍の隊員たちは電波塔に向かうも、そこに3人の少年が立ちふさがる。