稲森博士がゴメノスを操り、街を襲撃しようとする!
その道中で、我夢は梶尾から、稲森博士が以前出していた、複数の地球環境改善のための企画を見せられた。しかし、根源的破滅招来体への対処が優先となり、その計画は全て却下されたらしい。我夢は、稲森博士に言われた「地球の生物が怒っている」という言葉を思い出す。
稲森博士は、山中で小さな街に向かってゴメノスを前進させていた。我夢は稲森博士を止めようとするが、博士は人間が意識を変えるには残酷な事実を目の前に突きつけるしかないと言う。さらに、地球の運命を背負ったウルトラマンアグルの正体が藤宮であることを知っていることも明かした。
稲森博士の目的は、怪獣が人を襲うことで地球の環境破壊に無頓着な人類の目を覚まさせること、そして自分が手を汚して人間の意識を変えることで藤宮に罪を背負わせないようにし、地球のためには人類は不要だという藤宮の考えを変えさせることだった。
そこに、チーム・クロウのXIGファイターが到着。ゴメノスに攻撃を仕掛ける。稲森博士はゴメノスを街に向かわせようとするが、しだいにコントロールが効かなくなってしまう。そして、ゴメノスの吐く火球を受けてしまった。
我夢はウルトラマンガイアに変身し、ゴメノスに応戦。尻尾を掴み、投げ飛ばしてダメージを与える。一方、稲森博士のもとにやってきた藤宮は彼女を介抱するが、博士は命を落としてしまう。博士の死と藤宮の悲しみの叫びを見届けたガイアは、必殺のフォトンエッジでゴメノスを撃破するのだった。