
ある日、職場である怪獣防災科学調査所「SKIP」の星元市分所に出勤してきたユウマだったが、サポートロボットのユピーしかいない。所長の伴 ヒロシと所員の夏目リンは、16年前に宇宙怪獣が残した巨大なツノ・モノホーンに異常反応が見られたため、調査に向かったのだ。自分にも連絡が来ていることに気づいたユウマは現地に向かい、二人と合流する。
モノホーンの中からは生体反応が観測されていた。単にネズミやリスが中に入っただけという可能性も考えられたが、ユウマは早速調査を開始。すると、モノホーンの中からイソギンチャクのような生物が飛び出してきた。ユウマは、ユピーから分離したユーと山中の捜索を開始。すると、山に生息していた5メートルほどの怪獣・シャゴンと遭遇。危うく襲われそうになるも今朝、SKIPを出る時にすれ違った男性に助けられる。その男性は、地球防衛隊・宇宙科学局の石堂シュウだった。モノホーンの異常を聞き、詳しい話を聞きに来たのだ。
先ほど出現したシャゴンは以前からSKIPが調査・警戒を行っていた怪獣なのだが、肉食のはずのシャゴンが何故か岩石を食べるようになっていた。一方、シュウからはモノホーンから出現した怪獣が、他の怪獣に寄生する宇宙寄生生物 ウーズであるという情報がもたらされる。シャゴンは、ウーズに寄生されているのだ。