あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「1月17日」(1975年)。
前回の第40話「恐怖の円盤生物シリーズ! MAC全滅!円盤は生物だった!」で、ブラックスターから送りこまれた円盤生物 シルバーブルーメによってMACのメンバーが全滅。モロボシ・ダン=ウルトラセブンも行方不明に。さらに、ゲンが指導員をしている城南スポーツセンターの同僚たちも犠牲となってしまった。
シルバーブルーメは倒したものの、多くの仲間や友人を失ってしまったレオ。レオは、ブラック指令が呼び出す円盤生物との孤独な戦いを開始するのだった。
第2の円盤生物が襲来!
一方、ゲンはシルバーブルーメの襲撃から生き残った少年・梅田トオルとともに、美山家に身を寄せていた。ある日、トオルは美山家の次女のあゆみ、クラスメイトで「円盤博士」のあだ名を持つ大場少年とともに円盤を見つけようと、望遠鏡を覗いていた。
すると、トオルたちは地球にやってきた円盤(実はブラックドーム)を発見。鏡で光を反射させて呼び寄せると、ブラックドームはブラック指令のコントロールを離れてビルの上に着地。円盤の姿からカニのような姿の怪獣になり、ハサミや物体を溶かすペプシン溶解液という泡で街を破壊しはじめる。
トオルたちがピンチに陥っている現場に到着したゲンは、落ちていた金属の棒を投げ槍のように投擲してブラックドームを攻撃すると、ブラックドームは円盤の姿に戻り、どこかへと姿を消した。