地球を旅立ったオオトリがバルタン星人(二代目)の手中に!
しかし、心配をよそに、打ち上げは無事終了。打ち上げ成功を喜ぶハヤタたちであったが、そこに泣きながらホシノ少年がやってくる。科学特捜隊の装備の開発も担当する岩本博士も、金星を目指すためのロケット・フェニックスを開発していたが、ホシノは岩本博士のフェニックスがオオトリに先を越されてしまったことを悲しんでいたのだ。
そのころ、岩本博士のもとに記者たちが取材に訪れていた。岩本博士が毛利博士に先を越されたのは、絶対に安全なロケットを開発するためだったのだ。100%の安全が立証できるまで開発を続ける岩本博士と、わずかな危険性を残す代わりに自らがロケットに乗り込む毛利博士。岩本博士はどちらが正しいというわけではなく、考え方の違いだと言う。
一方、オオトリは、金星に向かって進路をとっていた。しかし、オオトリと通信をしていた科学特捜隊はおかしな電波を受信。それは、かつてウルトラマンと戦いを繰り広げたバルタン星人の生き残りからのものだった。バルタン星人(二代目)は、自分たちの住める「R惑星」に辿り着くことができたが、地球を諦めたわけではなく、人類に挑戦することを宣言する。