あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「6月4日」(2005年)。
5年前に起きた新宿大災害は、ウルトラマン・ザ・ネクストとビースト・ザ・ワンの戦いだった。自分たちも市民同様に記憶消去をされていたことを知り、TLTに疑問を持つナイトレイダーの隊員たち。一方、自分の命が残り少ないことを自覚しつつも、憐は新たに出現したスペースビースト・メガフラシに挑んでいくのだった。
ネクサスがメガフラシと交戦
メガフラシに攻勢をかけるネクサスだったが、敵は逃走。戦闘は終了する。TLTにより、メガフラシが出現した一帯は封鎖。隊員たちはナイトレイダー基地・フォートレスフリーダムに帰還し、水原沙羅と面会。そこで、これまで前線で戦っていた隊員たちはスペースビーストの目的を初めて知る。敵は人間を捕食するが、正確には彼らが欲しているのは、知的生命体が感じる恐怖だったのだ。そして、スペースビーストへの恐怖が新たなスペースビーストを呼び寄せてしまう。水原はそれが理由で5年前、新宿大災害の記憶を人々から消去したのだと説明した。
すると、再び青葉ニュータウンにメガフラシが出現。TLTの作戦参謀・吉良沢 優は、敵の狙いは憐であると推測し孤門に忠告。ナイトレイダーを出撃させる。