ガッツイーグルはα号、β号、γ号の3機に分離して光線を発射するが、攻撃した途端、声のようなものがした。ナカジマ隊員があらためて宇宙船を調べると、内部に人間のプラズマエネルギーが取り込まれていることがわかる。宇宙船は、人体から魂ともいえるプラズマエネルギーを吸収していた。倒れてしまった人々は死んではおらず、宇宙船に魂を抜かれていたのだ。
すると、γ号に乗るリョウ隊員は、子どもが宇宙船の進行方向に走っているのを発見。救助に向かうが、子どもをかばって宇宙船の光線を受けてしまう。
宇宙船は、地球に着陸し、居座ろうとしていた。ナカジマは、魂を守るためのバリアを発生させる装置を開発。アスカとコウダ隊員は、特殊捜索救助艇コネリー07で宇宙船に向かい、内部に潜入。スーパーGUTS基地・グランドームにいるヒビキ隊長の指示のもと、プラズマが蓄積されている宇宙船の深部を目指す。すると、そこには宇宙人の骸骨があった。