ニシキ教授は、この感情回路をピグのものと比較したいと言い出す。パーツを取り出すために服を脱ぐのを恥ずかしがるピグに配慮し、ヒカリとゴンドウキャップを退席させるニシキ教授。しかし、運悪くそこにパーツの反応を追ってバビラー星人が襲来。感情回路を奪われてしまう。ゴンドウキャップは仲間たちとともに敵を追うも見失ってしまった。
一方、パーツが足りないまま、メガザウラを組み立てていたバビラー星人は、最後の感情回路を組み込み、メガザウラを完成させて乗り込む。戦闘になる科学警備隊とメガザウラ。苦戦するゴンドウキャップたちに対し、勝手に隊長代理を名乗ったニシキ教授は、戦闘機の応援部隊を出撃させた。しかし、メガザウラの砲撃は凄まじく、戦闘機は次々と撃墜されてしまう。ヒカリはウルトラマンジョーニアスに変身し、メガザウラと戦闘を開始する。
一方、ニシキ教授はピグの感情回路を分析し、感情回路を搭載したロボットはへそが弱点であることを突き止める。ゴンドウキャップとトベの乗るスーパーマードック号はミサイルを発射し、その爆発でメガザウラの腹部を攻撃。弱点はジョーニアスにも伝えられ、ジョーニアスはプラニウム光線でメガザウラを撃破したのだった。