あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「9月15日」(2001年)。
夏の特別警戒期間が終わり、チームEYESの隊員たちは遅い夏休みを取ることに。しかし、休みはひとりずつ順番となっており、早く休みを取らなければ夏が終わってしまう! 休みを取る順番で揉めるなか、新たな怪獣が出現。事件解決に貢献した者が一番に休みを取ることが決まり、隊員たちは張り切るが……。
隊員たちにもようやく夏休みが!?
そのとき、怪獣保護要請がEYESに届き、ムサシたちが出動することに。フブキが、「今回の出動で一番活躍した人が最初に夏休みを取るのはどうか」と提案すると、普段は司令室のあるトレジャーベースでオペレーターをしているアヤノまで、それを聞いて現場に向かう展開に。怪獣が現れたのは、トンネルの工事現場だった。トンネルの内部で怪獣と遭遇するムサシたちだったが、怪獣は暴れる素振りを見せず、眠ってしまう。
ムードンと名付けられた怪獣は鏑矢諸島で保護することになり、その旨をトンネルの建設業者に説明して、隊員たちはそれぞれが発案した作戦で、ムードンをトンネルから出そうとする。夏休みをかけて奮闘する隊員たちだったが作戦はどれも失敗。一方、独自に調査を行っていたミズキ シノブ副隊長がムサシたちを助けにやってきた。このトンネルの建設現場付近では数年前、新種の恐竜の化石が発見されていたが、その恐竜・ムラノクラフドンの復元予想図が、ムードンそっくりだったのだ。ムードンは、カオスヘッダーの残留エネルギーの影響で化石が怪獣化したものだと思われる。