あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「10月16日」(1966年)。
伊勢湾近海の真珠の養殖場で、真珠がまったく取れなくなる事件が発生。真珠業者は残った真珠を日本海側へ避難させるが、この事件の犯人は怪獣・ガマクジラだった。さまざまな作戦を立ててガマクジラに攻撃を加える科学特捜隊だったが、ガマクジラにはある特性があり……。
真珠がとれなくなる
一方、真珠業者は残った真珠貝を伊勢志摩から日本海側に移送することを決定。業者の男性たちがトラックに真珠貝を積んで、運搬していた。すると、海岸沿いを走っていたトラックを怪獣・ガマクジラが襲撃。ガマクジラは口から伸びる管状の舌で真珠を食べはじめる。科学特捜隊は直ちに出動し攻撃を開始するが、ジェットビートルは反撃を受けてしまう。
ジェットビートルの修理をしつつ、ガマクジラを監視する科学特捜隊。夜中は静かにしていたガマクジラだったが、翌日になると行動を開始。真珠を求めて移動をはじめる。科学特捜隊は、新たに小型ビートルを追加投入し、2機で攻撃を再開する。海の中に逃げようとするガマクジラに対し、科学特捜隊は気球爆弾を発射。海面に浮かぶバルーンを取りつけてガマクジラを追跡するのだった。