あの日、あの時、胸躍らせて目撃したのは何だったのか? 今回取り上げるのは「7月25日」(2008年)。
ミライたちGUYSがウルトラマンメビウス メビウスフェニックスブレイブに変身し、エンペラ星人を撃破してから2年後。アイハラ リュウを除いた隊員たちはそれぞれの道に進み、リュウはサコミズ シンゴ CREW GUYS総監が兼任していた隊長職を継いで、怪獣と戦っていた。
怪獣が再び頻出する
ここ1ヵ月の間、明らかに怪獣の出現頻度が高まっていた。フェニックスネストで状況を確認していたサコミズ総監たちは、何か異常事態が発生したのではないかと感じていた。リュウとハルザキはムカデンダーを撃破。すると、上空に赤黒く燃える巨大な炎と遭遇。搭乗しているGUYSガンウィンガーはその中に飲み込まれてしまう。
その炎は、以前エンペラ星人が地球に襲来した際に使用していた宇宙船だった。「ダークネスフィア」と名づけられたその宇宙船は、これまで地球の周回軌道を巡っていたが、何らかの理由で軌道を外れ地上に落下しようとしていたのだ。このままダークネスフィアが地上に激突すれば、人類文明を滅ぼすほどの甚大な被害が生じる。しかし、炎の中にはリュウたちが捕らわれており、そもそも今の人類にはダークネスフィアを破壊する手段はなかったのだった。
サコミズ総監はGUYSの制服に再び袖を通し、リュウたちの救出に向かおうとしていた。しかし、ミサキ ユキ総監秘書とトリヤマ補佐官はすべてをひとりで背負い込もうとしているサコミズ総監を制止する。するとそこに、それぞれ別の道に進んだはずのクゼ テッペイ、アマガイ コノミ、イカルガ ジョージ、カザマ マリナが姿を現した。みんな、今回の異常事態を聞きつけ、助けにきてくれたのだ。